Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
51676	CNC(=O)C1=C=CN=C1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51677	O=C(O)Cc1cccc(O)c1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51678	NC(=O)c1cccc(-c2cccc(O)c2)c1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51679	NC(=O)C1C=CN=C1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51680	CCC1=C2C(=O)N(CCc3nc4cnccc4c4cc(-c5ccc(O)cc5)ccc34)C(OC)=C2CNC2NC(CO)C(O)C12	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51681	O=C1C=CC=C2NCC(=O)C(O)=C12	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51682	O=C1NC(C(=O)O)c2ccc(O)c3cccc1c23	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51683	Cc1cc(N2CCc3ccccc3C2=O)cc(-c2nc3c4c(nnc-4c4c(O)cccc24)C2=C4C=NC(CC(=O)O)=CC4C=C(O)C2=CC3)n1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51684	CC(=C1CCC2=C(CC1)[C@@H](O)CCN2)c1nnc2c3cccc4c3c(ncc1-2)-c1nc(C)cc2c1[C@H]4C=C1c3cccc(O)c3CCN12	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51685	Cc1cc(N2Cc3cccc4c3C2CCO4)cc(C2=NC3=C4C(=NC5=NC6=C(CC7C(=O)N(C)CC7(C)C6)C(=CC3)C54)c3ccccc32)n1	Pocket2Mol	4QLK	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51686	NC1=NC(=O)C2=C(CN=C2)C1	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51687	Oc1ccc2c(c1)C=CCC2	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51688	CC(=C1CC[C@@H]2NC[C@@H](O)C[C@@]2(O)C(=O)C1)c1nnc2c3c(C)n(O)c4c3c(ncc1-2)-c1nc(C)cc2c1[C@@H](C=C1c3cscc3CCN12)O4	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51689	Cc1ccc2c3c1cnc1c3n(c(=O)n1C1CCN(C(=O)O)C(CO)C1)CC2O	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
51690	CC=c1cccc2c1=CC=CC2	Pocket2Mol	4QLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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