DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51691 CC(=C1CCC2=C(CC1)NC[C@H](O)C2)c1nnc2c3cccc4c3c(ncc1-2)-c1nc(C)cc2c1[C@@H]4C=C1c3cccc(O)c3CCN12 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51692 CC1C(=O)N(C)CCC2Nc3cc(O)ccc3C(=O)N21 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51693 O=C1NCC2=CCC3=CCC=C(/C=C/c4cccc(c4)-c4nc5c6n4C1C=Nc1ccn(c1-6)Cc1cc(Cc4ccc(O)cc4)ccc1-5)C32 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51694 C1=NC2=Nc3cccc4ccnc(c34)C2CN1 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51695 CC1c2cccc3c2=C2C(=CC=C4OCCC(C(=O)O)N1C42)CC=3 Pocket2Mol 4QLK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51696 Cc1cc(N2CCc3ccccc3C2=O)cc(-c2nc3[nH]cc4c(c5nnc(c6c(O)cccc26)-c35)=C2C=NC(NC(=O)CN)=CC2CC4)n1 Pocket2Mol 4QLK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51697 CN1C(=O)c2cc3ccccc3c3c2c(cc2cnccc23)C1=O Pocket2Mol 5CQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51698 CN1C(=O)c2cc3ccccc3c3c2C(Cc2ccccc2-3)C1=O Pocket2Mol 5CQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51699 CC(O)CC(=O)Nc1cc2c3c(cccc3c1)CC1=C2C=NC1=O Pocket2Mol 5CQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51700 CN1C(=O)c2cc3ccccc3c3c2c(cc2ccccc23)C1=O Pocket2Mol 5CQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51701 CC1CCc2c(ccnc2N)N1 SBDD 4YTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51702 Nc1cc2ncccc2cn1 SBDD 4YTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51703 CCN1CCC2C(N)N=C(C)NC21 SBDD 4YTC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51704 Nc1cc2nc(N)ccc2c(N)n1 SBDD 4YTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51705 c1cc2c3cnccc3ncn2c1 SBDD 4YTC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

51691 to 51705 of 73725 items. Total 4915 pages.