DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51571 CC1=Cc2cc3c4c(c2=N1)=CC(=O)C(O)=C4C1C=Nc2ccnc-3c21 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51572 OC1=C2C(=Nc3ncnc4c3C2C=N4)C(C2=Nc3ccncc3C2)=CC1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51573 Nc1cc2c3c(n1)-c1ccc4nccc5c4c1C(=C(O)C5)C3C=N2 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51574 CC1N=C(C2=CCC(O)=C3C2=Nc2nc(N)cc4c2C3C=N4)C(O)=C1C=O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51575 Cc1cc2c(=O)[nH]c(=O)n3cc4c5c(cnc1c5c23)N=C=C4 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51576 O=C1C=c2c3c(cc4c2=Nc2ccccc2-4)-c2nccc4c2C(C=N4)C3=C1O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51577 OC1=C2c3c(cc4c(c3=C(O)C1)=Nc1ccncc1-4)-c1ncnc3c1C2C=N3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51578 O=c1c2ccccc2ncn1C1OCC(C2OC(C(O)O)C(O)C2O)O1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51579 Cn1c(=O)n(C)c2c3ccccc3ncc21 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51580 Nc1nc(N)c2cnc3ncc(C=CC(=O)O)cc3c2n1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51581 Nc1cc2c3c(n1)N=C1C(C4=NC5=CC=NCC5=C4O)=CCC(O)=C1C3C=N2 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51582 COc1cc2ccncc2c(N)n1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51583 O=C1N=c2c(cc3c4c2=C(O)CC(O)=C4C2C=Nc4ccnc-3c42)S1 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51584 Nc1ncnc2c1NC=CN2c1ccccc1O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51585 Cc1cc2c(nn1)=NN(C)C1=NC=NCC=21 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

51571 to 51585 of 73725 items. Total 4915 pages.