DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51556 Cc1nccc2c1-c1cc3c4c(c1=N2)=CC(=O)C(O)=C4C1C=Nc2ccnc-3c21 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51557 C=c1cccc2nc3c4cc(=O)c(O)c5c4c(oc3c12)-c1nccc2c1C5C=N2 Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51558 COc1cc(OCc2cccc(O)c2O)cc2c1Cc1cc(O)cc(O)c1N2C Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51559 O=c1[nH]c(=O)n2ccc3ccnc4ccc1c2c34 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51560 Nc1cc2c(c3c1C(=O)N=CN=3)=C(O)C(=O)C=C2C(O)O Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51561 Cc1nc(C(=O)O)c2c3c(c(N4CCCC(O)C4)cnc13)CN2 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51562 Nc1cc2c3c(n1)N=C1C(C4=Nc5ccncc5C4)=CCC(O)=C1C3C=N2 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51563 CN1C(=O)C2=NOC3=C4C(=CC(N)=C(C1=O)C24)C(C(=O)O)CC3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51564 Cc1nc2cc(O)c(=O)n3c2n(c1=O)CCC3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51565 CNC(=O)C1=C(N)N=C2C(C(=O)O)=C=CC(O)=C2C1=O Pocket2Mol 4IIY ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51566 CN1C=Nc2c(N3CCC(O)C3)cnc3nccc1c23 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51567 O=C1NC(O)n2c(=O)ncc3cc(O)cc1c32 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51568 Nn1c(=O)cc2nc3n(cc-2c1=O)C(=O)C(=O)N3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51569 CN1CC2COC3=C4C(=CC(N)=C(C1=O)C42)C(C(=O)O)CC3 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51570 Cc1cc2c(=O)[nH]c(=O)n3c(O)cc4c(-n5ccc(=O)c(O)c5)cnc1c4c23 Pocket2Mol 4IIY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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