Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
52306	CC1CCC2C(=O)C(C3=NC(O)C(O)C(O)O3)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52307	C=C(C)C(C)CNC(=O)C(C=O)COCCOC1COP(=O)(O)O1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52308	CCOP(=O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52309	CC(C)CNC(=O)C(CO)C(=O)NC1C(O)C1OP(=O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52310	O=C1C(C2(O)NC2O)C(O)CC2C(CC(F)(F)F)N12	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52311	O=C(CO)OCCOCCOP(=O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52312	O=P(O)(O)OCC12CC3OC3C1O2	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52313	CC1CCC2C(O)C(C3OC(O)C(O)C4C(O)N34)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52314	O=P(O)(O)OCCOCCOC1NC1(O)NC1CCCC1	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52315	CC(=O)NCC1C(=O)N(CC(C)C)CC1O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52316	CCCCN1CCC(C2OC3OC3C3C(O)N23)C1=O	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52317	CC1CC=C2C(=O)C(C(=O)NC3C(O)C3OP(=O)(O)O)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52318	CC1CCC(O)C2(NC1O)OC2OCCOCCOP(=O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52319	CC1CC2OC(=O)C(C3CC(OCCOP(=O)(O)O)CO3)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52320	CCC1CNC(=O)C(C2OCC(O)C3(O)OC23)C(=O)OC2OC12	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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