Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
52321	C=C(C)CCNC(=O)C(C=O)COCCOC(C)OP(=O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52322	CC1CNC2=C(O)C(C(=O)NC3C(O)C3OP(=O)(O)O)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52323	CC1N=C(C(O)OCCOCCOP(=O)(O)O)OC(C)C1O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52324	CC1C=NC2=C(O)C(C(=O)NC3C(O)C3OP(=O)(O)O)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52325	CC1CCC2=C(O)C(C(=O)NC3C(O)C3OP(=O)(O)O)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52326	O=C1C(C2=NC3(CO3)C(O)C(O)O2)C(O)C2CCC(CO)CN12	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52327	N=CC1CCC2C(O)C(C(=O)NC3C(O)C3OP(=O)(O)O)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52328	O=CCOP(=O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52329	O=C1C(C2OC(O)C(O)C3C(O)N23)C(O)C2CCC(C3CN3)CN12	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52330	O=P(O)(O)OCCOC1CO1	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52331	CCOC(OP(=O)(O)O)C(O)C(O)C1OC1O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52332	O=P(O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52333	O=C(NCCCC1CO1)C(CO)OCC(O)C(O)COP(=O)(O)O	SBDD	4PXZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52334	CC1CCC2C(O)C(COCCOP(=O)(O)O)C(=O)N2C1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
52335	CC(=O)NCC(CO)C(=O)NC1CCCC1	SBDD	4PXZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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