Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
53296	O=P1(O)OC2CC2O1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53297	O=P1(O)OCC(NC2=NCN=C(NC3CCCC3)C2)CO1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53298	O=P1(O)OCC(n2nc(F)c3c2N2C(O)C2NC3)CO1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53299	O=P1(O)OCC(N2C=NC(CF)N3N=CC=CC23)CO1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53300	O=[P@]1(O)OC[C@@H](N=C(Nc2ccccc2)N2COC3N[C@@H]32)CO1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53301	Cn1nnc2cc3c(nc21)c1c(n3NNC2CN2)COP(=O)(O)O1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53302	O=CN1C=CN2C(=N1)CC1OP(=O)(O)OCC12	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53303	NCNC1CCCC1N1CC1COP(=O)(O)O	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53304	CC(=N)NNn1c2c(c3nc4c(cc31)nnn4C)OP(=O)(O)OC2	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53305	O=P1(O)OCC(n2ncc3c2CN(O)NC3)CO1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53306	O=P1(O)OCC(n2ncc3c2N2CC2(CO)NC3)CO1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53307	O=P1(O)OCC(n2ncc3c2N2C4C=CC(O)CC42OC3F)CO1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53308	O=P(O)(O)OCC1=CN(CC2NC2N2CN(CO)C=N2)C2CC2=N1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53309	NCC1CNCC1CCCNC1COP(=O)(O)OC1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53310	O=P1(O)OCC(N2CCNC(CO)=N2)CO1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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