Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
53356	O=P1(O)OCC(N2N=CN=C3CCCCC32)CO1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53357	O=P(O)(O)OC=Cc1ccnn2cnnc12	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53358	O=P1(O)OCC(n2ncc3c2N2C(CO)C2NC3F)CO1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53359	O=P1(O)OCC2C(=CN3c4c(cnn42)CNC2C(O)C23)O1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53360	O=P(O)(O)OCCN1CNCNC2CCCC21	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53361	CNCc1cnn2c3c(c(O)c(O)c12)OP(=O)(O)OC3	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53362	CC1N=C1NC12[CH]C=NN(CCOP(=O)(O)O)C1N2	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53363	O=P(O)(O)OCC1=CN(C=C2NCNC3=C2N3)[C@H]2CC2=N1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53364	O=P1(O)OCC(N2C3Nc4ccccc4NC32)CO1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53365	O=P1(O)OCC(n2ncc3c2N2C4CC(O)CC42CC3F)CO1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53366	Nc1cccc(C23CC2OP(=O)(O)O3)c1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53367	NCc1ccn(C=CN2C=C(COP(=O)(O)O)N=C3C[C@@H]32)n1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53368	CC1=CCN(C2COP(=O)(O)OC2)N=C1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53369	CN(C)C1CC2C(=S)NN(C3C4OP(=O)(O)OC43)C2C1	SBDD	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53370	O=P(O)(O)OCc1cc(NC2CC2O)ccn1	SBDD	3KC1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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