Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
55726	COCCCCC1C(C)CCC2CC3CCC(C(C)O)CC3CC21	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55727	C=C1C(O)CCC2CC3CCC4(C)C5C6OC6(O)CCC54C3CC12	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55728	C[C@H](CO)C[C@@H]1CC[C@]23[C@@H]([C@H](C)O)[C@@H]2[C@H](C(O)=CO)CC[C@H]13	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55729	CC1(O)CC1C12CC1CC1C(C3CCC(O)CC3)C=CC12	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55730	CC(O)C1CCC2C3CCC24C(C(O)C(=O)NCC2C(C)C2C3)C14	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55731	O=C1CC1CCCC1CCC23C1CCC(CO)C2C3C(O)C(O)O	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55732	CC(O)CCC1C(C)CCC2CC3=C(CC21)C(C)C1CC1C3	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55733	Oc1ccc2ccc(O)cc2c1	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55734	c1c2c3c(c4c1CCC1C5C6OC6CC415)C3OC1(CCC2)CO1	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55735	C=C1CCCC2CC3CCC(C)C(CCC4(O)CO4)C3CC12	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55736	C=C1CCC2C(CC(C)C(O)C(C)O)CCC23C(CCO)C13	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55737	CC1C2=C(CC3CCC4(C)C(C5CO5)C4(C)C3C2)CC2C1C2(C)C	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55738	CC(O)C(C)CC1CCC23C1CCC1(CC1O)C2(C1OC1C)C3C	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55739	CC(O)C1C2C(CO)CCC3C(CC4(C(O)C5CO5)CC4)CCC312	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55740	CC(CO)CC1CCC2C1CCC1CC(C)OCCC12	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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