Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
55756	CC1C2=C(CC3CC31)CC1CCC3(C)C(C4OC4O)C3(C)C1C2	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55757	CC(C1CC1)C1CCC2C1CCC1C(O)CC(=O)C3CC312	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55758	CC1CCC2CC3CCCC4(C)CCOC(=O)CCC1C2CC34	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55759	COC1CCC2C(CC=C3CC4CCC(CCO)C(C)C4CC32)C1	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55760	COC1CCC(C)(O)C2C3CC4C(CC(C)CO)CCC4C132	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55761	OCC=CC[C@@H]1CC[C@H]2[C@@H]1CC[C@H]1[C@@H](O)CCC[C@H]21	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55762	Cc1cc2c(c(C)c1O)CC1C(CCC(C)C1CC=O)C2	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55763	CC(O)C1CCC2CC3CCC(C)C(CCCCO)C3CC2C1	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55764	CC1C2C3CCC(C12)C(C)(C)C3	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55765	C[C@@H](O)[C@@H]1CC[C@@H]2[C@H](CCC=CO)CC[C@@]23[C@@H]([C@@H](O)CO)[C@H]13	SBDD	2AZY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55766	C[C@H](O)[C@H]1[C@@H]2[C@H](CO)CC[C@@H]3[C@H](CC=CCO)CC[C@]123	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55767	C=C1CCCC2CC3CCC(C(C)O)C(C)C3CC12	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55768	CCCCC1CCC(C)C23CC2C(C)CCC13	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55769	CC1CCC2CC3CCC4CC4(C)C3CC2C1CCC(O)O	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
55770	CC(CO)CC1CCC2C1CCC13CC21C=CC(O)C3C	SBDD	2AZY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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