DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
58711 C1=C2NNc3c(ccn3CC3OC3c3ccccc3)C2CCC1 SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58712 N#Cc1ccccc1 SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58713 OC1OCCCC1N1C2C(Nc3ccccc3)CCC21O SBDD 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58714 Nc1c(C2C=CCCC2)ccn1C1OC1Cc1ccc(F)cc1 SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58715 c1ccc(N[C@H]2CCCC(=NC3CC3)C2)cc1 SBDD 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58716 OC1OCCN2C1C21CCC(Nc2ccccc2)C1 SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58717 c1ccc(NC2CCCC(NC3CC3)C2)cc1 SBDD 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58718 CC(C)NC(=O)CC1NC1Nc1ccc2c(c1)C2 SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58719 O=C1CC1OC1CCCC(Nc2ccccc2)C1 SBDD 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58720 C=C(C1CCCCC1)C(N)NC1NC1CCC SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58721 c1ccc(NC2CCCC(CC3CO3)N2)cc1 SBDD 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58722 CCOCc1nc(C(C)C2CCCCC2)n2c1C2C SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58723 CC1OC1C1CC1C1C(C)N1C1NNC2CCCCC2C1C SBDD 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58724 CC(C1CCCCC1)C(N)NC(=O)CC1=NC=COC1 SBDD 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58725 O=C(NC1CCCC(Nc2ccccc2)C1)C(O)(F)F SBDD 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

58711 to 58725 of 73725 items. Total 4915 pages.