Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
58726	O=C(CC1NC1Nc1ccccc1)NC1=CCCOC1	SBDD	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58727	COCc1nc(C(C)C2CCCCC2)n2c1C2CO	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58728	C=CCC1C2CCCC=C2NN2C3CCCCC3NC3=NC312	SBDD	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58729	O=C(CC1NC1Nc1ccccc1)NC(CCO)C(O)O	SBDD	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58730	C=CN=C1CCC[C@H](Nc2ccccc2)C1	SBDD	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58731	COC1NC1C1N2CC(C3C=CCCC3)CNC12N	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58732	Nc1c(C2C=CCCC2)ccn1CC1OC1c1ccccc1	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58733	C1=CC(c2cccnc2)CCC1	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58734	c1ccc(NC2CCC3(C2)C2N3CCOC23CO3)cc1	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58735	CCC=C[C@H]1CCC[C@H](Nc2ccccc2)N1	SBDD	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58736	CCCCCC=C[C@@H](C)c1ccccc1	SBDD	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58737	O=C1CCC2C(N1)N2c1ccccc1	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58738	COC1CC1C1N2NCC(C3C=CCCC3)CNC12N	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58739	O=C(OC1CC1)N1CCCC(Nc2ccccc2)C1	SBDD	1L3L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
58740	CC(C)CCCC=C[C@@H](C)c1ccccc1	SBDD	1L3L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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