DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
61756 CC1/C=C/CC(=O)NC2C3=NC(N)=C4C(C5CNc6ccccc65)CN1C4N32 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61757 C=C1C(NCC(C)n2cc(-c3ccccc3)c3c(N)ncnc32)=NCC1C(C)O SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61758 N=Cc1ccc(NC2CC2N2CC(Cc3ccccc3)c3c(N)ncnc32)cc1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61759 Cc1ccccc1-c1nn(C2CCCCC2)c2ncnc(N)c12 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61760 CCCNC(O)Cn1cc(-c2ccccc2)c2c(N)ncnc21 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61761 CNc1cccc(NC2CC2N2CC(Cc3ccccc3)c3c(N)ncnc32)c1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61762 COC1CCC(n2cc(-c3ccccc3)c3c2NC(N)=NC3N)C1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61763 COCCCCCCCn1cc(C23[CH]C=CC=C2C3)c2c(N)ncnc21 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61764 C=C(C(=O)Nc1ccc(CN)cc1)n1cc(-c2ccccc2)c2c(N)ncnc21 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61765 COCCn1cc(C23[CH]C=C(F)C=C2C3)c2c(N)ncnc21 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61766 NC1=NC(N)c2c(-c3ccccc3)cn(C3C=CCCC3)c2N1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61767 NC1=NC(N)C2C(C3COc4ccccc43)CN(C3CC3)C2N1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61768 Nc1ncnc2c1C(Cc1ccccc1)CN2C1CCCC1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61769 COCCCCCn1cc(-c2ccccc2)c2c(N)ncnc21 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61770 NC1=NC(N)c2c(-c3ccccc3)cn(C3CCC(O)C3)c2N1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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