DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
61786 CN1CC=CN2C=NC(N)=C(Cc3ccccc3C#N)C21 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61787 NC1=NC(N)C2C(Cc3ccccc3)CN(C3CC=CCC3)C2N1 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61788 COC1CCC(n2cc(-c3ccccc3)c3c(N)ncnc32)C1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61789 Nc1ncnc2c1c(-c1ccccc1)cn2C1CCCCC1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61790 CC1C(n2cc(-c3ccccc3)c3c(N)ncnc32)CC2CN21 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61791 N=C(N)N1CC=CC1CCN1CC(Cc2ccccc2)c2c(N)ncnc21 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61792 NC1=C2C(c3ccccc3)=CN3CC4CCC5C(=O)NCC(=N1)N(C23)N45 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61793 Nc1ncnc2c1[C@H](Cc1ccccc1)CN2CC=CCCC1CC[C@@H](CO)O1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61794 NC1N=C2NNC(=O)C3CCC4Cn5cc(-c6ccccc6)c1c5N2N43 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61795 Nc1ncnc2c1C(c1ccccc1)CN2C1CC1Nc1ccccc1 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61796 CC(C(=O)Nc1ccc(CN)cc1)n1cc(-c2ccccc2)c2c(N)ncnc21 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61797 N#Cc1ccccc1Cc1c(N)ncnc1N1CCC(NC2CN2)C1 SBDD 4XLI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61798 NC1N=C2[N]c3c1c(-c1ccccc1)cn3C(CO)C1OC1CC1OC1NN2 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61799 Nc1ncnc2c1C(Cc1ccccc1)CN2C1CC1Nc1ccccc1 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
61800 NC1N=C2[N]C3C1C(Cc1ccccc1)CN3CC1OC1CC/C=N/N2 SBDD 4XLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

61786 to 61800 of 73725 items. Total 4915 pages.