DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64486 CC(=O)CC(=O)O TargetDiff 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64487 NCc1cccc(F)c1 TargetDiff 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64488 C1=CCC=C=C(CCNNC2=NCCC2)C(Nc2cnccn2)C=1 TargetDiff 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64489 CC(=O)O.CCCCNCC(C(=O)NC1CCC(OCN)O1)c1ccccc1 TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64490 CCCC(C)CNC(=O)C(O)OC1OC(C)CC(O)C1O.COc1ccccc1 TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64491 CC1=CCC=NC1C.C[C@H](CC(=O)O)O[C@@]1([C@@H](O)CC[C@@H]2C=C[C@H](C(O)=CO)C(O)=C2)N[C@](O)(F)NC2=C1NCC2 TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64492 O=C(OCC1N=CC=CC=N1)C(CCO)CCCCCCCC(O)(CO)CO TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64493 O=C(CCOCC(O)C(=O)O)NCC(OC(=O)CC(O)C(O)C(O)C(=O)O)C(=O)O TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64494 COS(O)(NCCNC(=O)O)OOCC(O)C(O)C(=O)OOC1CCCCN1 TargetDiff 6NZV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64495 CCC(C)C(=O)OCC1(F)CC(NN)CC1CCOC(=O)NN(O)CC.N=CN TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64496 O=C(O)CCCCCCC(C(=O)C(=O)O)C(C(=O)CC(O)C(O)C(O)(O)COCC1CCCCN1)C(F)F.O=C1N=NCC2=C1NCC2 TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64497 CC(C)CCCNC(=O)N1c2ccccc2C(=O)C1C(=O)NC1CCCNC1 TargetDiff 6NZV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64498 C[C@H](C=CCCCOCN(OC(=O)NCC(=O)O)[C@H](C(=O)O)[C@@H](O)CC(=O)SCCC=C=CC=CC(=O)NCCCF)C[C@@H](C)O TargetDiff 6NZV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64499 OC1CC2NC3=CN=C4NC5=C6CC7=C(C=C5)NNC7CC5Cc7ccccc7C5CN(CC3N46)C2N1 TargetDiff 6G37 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64500 C=C1CN2C3CCCC(C3)C3(O)CNC4/C(O)=C\NC5CC6CCC(=C6C5OCC43)OC2C1C TargetDiff 6G37 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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