DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64501 CC(c1ccccc1)c1cncc(C(O)CN2C3CC2C(P(O)O)C(O)C3O)c1 TargetDiff 6G37 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64502 COc1ccc2c(c1)OC1/C(=C\CC2C)CCCCC1C TargetDiff 6G37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64503 NC(=O)[C@@H]1SC(=C2C=CCC(N=CC3CNNN3)=C2)C2=CCC(=S)N=C21 TargetDiff 6G37 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64504 CN1CC2C3=C(CCC3)C(=O)N(C)C(=O)C2C1=O TargetDiff 6G37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64505 Cc1ncc(O)c2c1Oc1cc(ccn1)C(=O)/N=C/CC(N)C/C=N/2 TargetDiff 6G37 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64506 N=C1C(O)=C2C(N)CCC3c4cccc5nc6c(c(c45)C1C23)NCN6 TargetDiff 6G37 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64507 CC1=C(C(S)=CC2=C([C@H](O)CC(N)=O)[C@@H](C)CC2)NCN1 TargetDiff 6G37 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64508 Oc1cc(O)c2c(c1)NC1CCCC1C=C2 TargetDiff 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64509 CC(C(=O)O)C12CCCN1C1=C(C(=O)CC1)C1=C2CN(C2C=CCC=C2)C1=O TargetDiff 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64510 Cc1ccc2cc1C1=NC(CC1)C1=CC=NC(C=C1)CC1CC(N1)C(=O)C1CCN2C1 TargetDiff 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64511 CC1C=C2C3=C(N=CN2C)C2C(=N)NC(=O)OC2=C3CC1 TargetDiff 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64512 CN1C(=O)C2=C(NC(=N)C2CC(=O)O)C2C=CCC=CC21 TargetDiff 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64513 COc1ccc2cc1NC1(O)CCC(COc3cccc(c3)-c3ccnc(n3)N2)C1 TargetDiff 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64514 O=C1CC(O)C2C/C=C\C=C=Cc3cc(ccc3Cl)C/N=C3/NCC4=C3CC2C14 TargetDiff 5OQ8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64515 CC1=C(CC(=O)ON)C(CCOC2=CCC=CC(O)=C2)N(C)C1 TargetDiff 5OQ8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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