Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65896	CCN1C(=O)CC(CC)(CO)CCC/N=C2\C=C(N=C3CCCC32)C2=NC1CC2	TargetDiff	6NFH	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65897	O=C1Cc2c3cccc2-c2ccccc2CCNCC2=CC(C=CC=C2)C2=CC=CC4CCN(C3)C1CC24	TargetDiff	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65898	O=C1COC2c3ccccc3-c3ncncc3C2CN1	TargetDiff	6NFH	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65899	O=C(C1C=NCN(C(=O)NC2=CC=C(C(O)(O)O)C=CC2)C1)C1OC2=C3C1=NC=CC3C=CC=C2	TargetDiff	4M8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65900	CC1CCC(NCC2CC(Oc3ccc(C(=O)O)cc3Cl)CC2C)CC1	TargetDiff	4M8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65901	CCC1=CC(CCCCCC2=CC=CC(C(=O)O)C=C2)CCCC1	TargetDiff	4M8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65902	CC1CC(N[C@@H]2O[C@H]3CCC[C@H]3C2=C2C=CC(C(=O)O)=CC2)[C@H](Cl)C1	TargetDiff	4M8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65903	O=C(O)CC1=CC=CC2=C(C=C(C3C=CC=CC=C3O)C3C=CN=CC=C23)C1	TargetDiff	4M8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65904	CCC1CCC2C3CC(C(=O)O)CN3C3=C(CC(C(C)C)C3)N12	TargetDiff	4M8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65905	CC(=O)OCCC1CCC(O)C1CC1=CCCCC1	TargetDiff	4M8E	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65906	CC1/C=N\C2=C=CCC=C=C3C2C(/C=N\1)N1C3c2ccc(C(=O)O)cc2OC12CCCC2C	TargetDiff	4M8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65907	COC1=c2oc3cc(=CC(=O)O)ccc3c2[C@@H](CCC(C)C)C=CC1	TargetDiff	4M8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65908	O=C1CCC(C2CC3C4=C5CCCC5C(CO)=CC4=C4C=CC=CC4C(=O)N32)C1	TargetDiff	4M8E	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65909	Fc1oc2c3c(c4ccccc1c2=4)=CCCC3.Nc1ccccc1NCO	TargetDiff	4W52	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
65910	FC=C[C@@H](C(F)[C@H](F)C#COCCOCF)C(F)(F)C(F)(F)F	TargetDiff	4W52	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔

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