DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71641 CCCCCC(C)C1CCCCCC(=O)C1 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71642 CCC1OCC(c2ccccc2C2CCc3ccccc32)=C1CC(=O)OC TargetDiff 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71643 NCC1CCC2(CC1)CCC(CO)C2 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71644 CCC1COC2C=CC(CC)(CCCO)C(C1)CC2CC TargetDiff 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71645 CC1Cc2c(ccc3c2CCC3)C1(C)O TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71646 CCC1CCCC2C(C)CC=C(Cl)C2C1 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71647 CC(=O)N1CC2C(OC(=O)C2c2ccccc2Cl)C2=CCC(C)=CC21 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71648 ON(C1=CC2NCCCNC2=NC=N1)c1ccccc1 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71649 CC1CCC(C2(C)CC3CCC2CC3)C(O)C1C TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71650 CC(C)(C)c1ccccc1 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71651 CCC(C(=O)C1C=CC=C(O)C=C1)C1COc2c(F)cccc21 TargetDiff 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71652 CCC1(c2cccc(C)c2)CC23C4CCCCC2CC(O)C1C3OC4 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71653 CC1CC2CCC(O)C2C1C1=Cc2cc(F)ccc2C(C)N1C TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71654 CC1CC2C(C)C1(c1ccccc1)n1c3ncccc3c(=O)n12 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71655 C1=C2CCC3CCC4CCCC(C1)C4CC23 TargetDiff 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

71641 to 71655 of 73725 items. Total 4915 pages.