DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
71656 CC(C)C(=O)C1=CC(F)=CC(N(C)c2ccccc2F)C1N TargetDiff 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71657 CC1CCC(C(C)(C)O)C2C(C)C(C3=CCC=C4CCCC43)CCC12 TargetDiff 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71658 COC1=C(C(=O)C2CCc3ccccc3C(=O)N(CO)C(=O)CC2O)NCN1 TargetDiff 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71659 CCC(O)C(CCC(C)O)C1C(C)CC2(C)CC1CCCC(O)C2C TargetDiff 4P6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71660 CCC1CC2C(O)CC3(CC1O)CC(O)C1COCCC1CC23 TargetDiff 4P6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71661 CC1CC(C)C(C2CC3CC(=O)C(CO)C(C3)C(O)C2)CCCCC1=O TargetDiff 4P6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71662 COC(=O)C12CCC1C(C)(OC(=O)C1(n3cnc(=O)cc3C)CCO1)c1ccccc12 TargetDiff 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71663 CC1C2=NC=C(CCC(=O)O)C1C(CCCl)C(N)CCCCC(O)C(CC=O)CC(=O)N2 TargetDiff 4P6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71664 CCCCC1C(C)C=CCC1O.O=C1OC2(O)C3=C(CC=CN3OCC2CO)C1O TargetDiff 4P6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71665 CC1(O)CCC(O)C(C2(C)C(O)C(O)C3C2CC2CC4CC(O)=C(O)C4C(O)C23N)C1 TargetDiff 4P6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71666 CCC1=C2C(=C(O)C1)CCC2C(N)=C1C(N(C)O)=NC=C[C@H]1N1C[C@](O)([C@](C)(O)[C@@H](O)C2=CC(F)(F)C=CC2)[C@@H](F)C1=O TargetDiff 4P6X ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71667 Cc1c(C=O)cccc1C1CCCC(C23CCC(O)CC2(C(=O)O)C(O)CC3)N1 TargetDiff 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71668 OC1CC2CCOC(C2)C1O TargetDiff 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71669 N=C1CCNN1 TargetDiff 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
71670 COC1C(C)=CC2C1CCC1C(=O)OCC1CC(O)C1C=CCC3CC4=C(C(O)C(O)C4O)C2C31 TargetDiff 1RS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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