Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72166	CC(=O)CCC(O)C(O)(C(O)C(O)C(O)CCOCC(=O)O)N1C=CC(F)=CC1	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72167	O=P(O)(OO)C1CCC2(O)C(CO)OC1C2O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72168	NC(=O)C1C(O)C(O)C(O)C(O)(NO)C2C(O)C(NO)OC2(O)C1O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72169	O=C1NCCC1C1C(O)C2CC1(O)C(O)C(C(=O)O)C2F	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72170	O=C1NC(=O)C2C3OCC3(O)C(O)(CO)C2C(O)C(O)C1O	TargetDiff	4P6P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72171	O=C(O)CCC(O)(O)C(O)C1OC(=O)C2(O)CNCC2C(O)C1O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72172	N=C1C(O)CC(P(=O)(O)O)C12CNC(CN)C2	TargetDiff	4P6P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72173	CC1C(NO)=C(O)C2OC(O)(C(O)C(O)OP(=O)(O)O)C(O)C(O)CC2C1C	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
72174	CC1OC(C(O)C(O)(CC(O)CO)C(=O)O)C(O)C(O)C1NO	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72175	CCC(O)(O)C1CC(=O)N(C)C(F)CCC1(O)C(O)P(=O)(O)O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72176	CCC(=O)OC1CC(O)C1C(O)(O)C(CO)C(O)CC(C(=O)O)C(=O)O	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72177	O=C(O)C1OC(=O)C2(O)C(O)C(O)COC2C1C(O)CO	TargetDiff	4P6P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72178	O=C(O)C(O)C(O)C(CO)CO	TargetDiff	4P6P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72179	O=C(O)C1CCC(OP(=O)(O)O)CC1	TargetDiff	5YFS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72180	O=P(O)(O)OC1CC(O)(CCC(O)C2=CC=CC=CC2O)C(O)C1O	TargetDiff	5YFS	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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