DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72181 O=C(O)C1C(O)C(OCP(=O)(O)O)OC(OP(O)(O)(O)OP(=O)(O)O)C1O TargetDiff 5YFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72182 CN=C1N[C@@H]([C@H](O)[C@@H](OCP(=O)(O)O)[C@H](O)C(=O)O)O[C@H]1[C@@H]1C[C@@H](C(=O)O)[C@@H](O)[C@H]1O TargetDiff 5YFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72183 [O]P([O])OP(=O)(O)CC1(O)CC(C(O)P(=O)(O)O)OC(=O)C1O TargetDiff 5YFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72184 O=C1N=CC(F)C=C1CCC(O)C(O)CC(O)C(O)C(O)CCP(=O)(O)O TargetDiff 5YFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72185 O=C1C(OCOP(=O)(O)O)CC(OP(=O)(O)O)C(O)C1O TargetDiff 5YFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72186 O=P(O)(O)O.[O]P([O])OCC1COC(P(O)OP(=O)(O)O)C(O)C1O TargetDiff 5YFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72187 COCC1C=C2C(C3=C(CC(=C=O)CCC3)C3C(O)C(O)(O)OC23O)C2=C1OCCO2 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72188 CC1=N/C2=N/C3CC(=O)OC3NC3=NCNC=C/C3=N\C(C)CC3CC4=NN1C2N4C3 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72189 CN1C=C(c2cc(N)ccc2OCC2C3CCC(=O)C3=NCC2C(O)C(=O)NCO)C=CC1 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72190 CCCC1CCC(C)(O)C2OC(=N)C3C=C(F)N(N4CCCC4)C=C3C2C1 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72191 Cc1ccc2c(c1)CC13C(O)C(C)COC1C(C)C(C)OC1=C4CCC(C(N)=O)=C4C2C13 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72192 CC1=N[C@H](C=C2CC[C@H](C)O2)C2=N[C@@H]3[C@H](C[C@@H]4CCCCO4)N4NCCC4N3CC2=N1 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72193 CC1CNC2C=C1C(=O)NNCC1=C(COC(C)(CO)C(O)C(C(=O)O)CO2)NCN1 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72194 OCOC1CC2CC1=C=CN(F)C(F)C#CN/C=C\N=C\C1CCCN=C(N1)O2 TargetDiff 6G29 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72195 COC1=CC(C2(C)CCCC2)C=C(N2CCOC2(O)CO)C1C TargetDiff 6G29 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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