Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
72841	Cc1ccc(C(CCOC2=CC(c3cncc(Cl)c3)C=C3C(N)=CCC=C23)NC(=O)C2C=C(Cl)C(O)=CC2)c(C)c1C	TargetDiff	5E2P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72842	NC1=CC(C2C=CC(F)C=C2)C(CCNC(=O)NC(O)(CC(=O)O)C(O)c2ccccc2)=C(F)C1Cl	TargetDiff	5E2P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72843	C[C@H](N=C1CC(C(=C=C2CC3=CCC=C(N)C3[C@H]2N)[C@@H](CNO)C2C=CCC=C2)CN1)C(=O)O	TargetDiff	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72844	CC1N=CC(c2ncncc2CCCC(O)c2cccc(C(=O)O)c2)C=C1F	TargetDiff	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72845	NC1=CC2C(=O)/C3=N/NC(C4C=CCC(O)=C4)C4=CC(C=C(F)C=C4)CCC(=N3)C2C=C1	TargetDiff	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72846	CC(NC(=O)C1C=C(C(=O)NC(=N)NCC2CCCO2)C(O)c2nccnc21)C1=CC(CCc2ccccc2)C=CC1	TargetDiff	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72847	Nc1cccc2c1OC1=C(O2)C(CC2(O)NCCC2C2C(=O)CC2C2CC3=C(CCC3)C2)C=C(O)C1	TargetDiff	5E2P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72848	CC[C@@H](CN(C(=O)N1C[C@](N)(O)O1)c1cc(F)ccn1)[C@@H](O)C(O)=C[C@H]1C(O)=C(C)Cc2ccccc21	TargetDiff	5E2P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72849	CC1CCN(C2C=CC(C(N)=O)=CC2)C1.O=C1NC2=NCCc3cc(Cl)ccc3N2N1	TargetDiff	5E2P	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72850	CCCC(O)C(CC(=O)N(CC1CCC(C)O1)C(=O)C1c2ccc(F)cc2CC1C(=O)C1CC2=C(OCCC2)O1)C(=O)OC1CC(C)(O)C(O)C1C	TargetDiff	5E2P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72851	COCC1N=C(N(C)C)C(C(C)O)ON1C1CCOC1	TargetDiff	6FTW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72852	CC1CC(CC(C2=CCC(F)=CC2)C2NNCC2=C=C2CCCC2Cl)CCC1O	TargetDiff	6FTW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72853	COC1=C=CCCC(C=C[S@@](C)=O)/C=C\CNc2ccc(F)c(c2)[C@H](OC)C=C=C1O	TargetDiff	6FTW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72854	CCCCCN(C)C1C(=O)CC2CCn3c(OC)nc(c32)/C(C2CCCC2)=N\C#CC1NC1C=CCC=C1	TargetDiff	6FTW	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
72855	CC(=O)O.O=C1OC2=CC(=CC=CC2O)OC2CCC1CC2CC(CO)CC1C(O)C2CC3=CCNC(=O)C3C(O)CCC2OC1(F)F	TargetDiff	6FTW	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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