DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72961 CC(=O)C(C)N(C)C(O)C1CCC(C)CC(C)C1 TargetDiff 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72962 O=C(O)C1CC2C(O1)C(O)C1C(=O)CC(O)CCC21CO TargetDiff 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72963 CC1CC2CCC(C(O)C3C4CCC5C(O)C3C5C4)C3CCCC1C23 TargetDiff 1AFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72964 CCC(C)CC(=O)OCC(C)(O)O TargetDiff 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72965 CCCC(C)N1C(=O)N(C(=O)Oc2ccccn2)C(C)(C)C1=O TargetDiff 1AFS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72966 CC(=N)C1CC2CCCCCC2CCC1C TargetDiff 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72967 CC1=C2N=C3C4N=C(Cl)N=c5ccc6c(c54)N3C3=C2C2C(CC(C)(O)CN2CC3N=6)NC1=N TargetDiff 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72968 CC(c1ccccc1N1CCNN1)N1OC(C(=O)O)C(O)C(O)C1=O TargetDiff 1AFS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72969 NCOC1C=CC2C(=C=CC#COCNCCCCc3cccc2c3)C(O)=C1 TargetDiff 5OS7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72970 c1ccc(C2CCOC2)cc1 TargetDiff 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72971 Cc1ncc(N(C)C2OC(=O)c3cnc(C)c4c3N2C2=CCC=CC2O4)c(C)n1.OCC(F)F TargetDiff 5OS7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72972 CC=C[C@@H]1[C@@H](Cl)Cc2c(ccc([C@H](O)CC)c2N)[C@H]1O TargetDiff 5OS7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72973 CC12COCCC1C(O)CC=C2C(Cl)C1C=CCC=C1Cl TargetDiff 5OS7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72974 C=C1CC2(CCC3(F)CCCNCO3)CC(O)(C(F)C2C)C1C(F)(F)F TargetDiff 5OS7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72975 COC1CC2=C(C1)N(C)C(C1C=CCC(F)C1C1(F)OC3COCC3C1F)C2F TargetDiff 5OS7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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