DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73006 CCC(CC(=O)O)CC(C)CC(=O)O TargetDiff 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73007 CCC1CC(C(O)(O)C(C)O)C(C(O)(O)O)C1O TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73008 CCP(=O)(O)OC1C=CC(OC)C=C1OCP(=O)(O)O TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73009 CC(CO)CC(C)CC(=O)O TargetDiff 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73010 O=C1C2CCC34CCC2CC2CC(O)C56CCC2(C13)C51C(OC(=O)C1C(O)C6O)C4O TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73011 O=C(O)C=C=C1C=CCC=C1C1C2CCC3CCC4C(O)CCC4(OC2=O)C31 TargetDiff 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73012 CCC(O)(CO)C1CCC2C(CCO)OC(CC(=O)Cc3cccc(c3)O1)C2O TargetDiff 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73013 CC1OC2(CO)CC(CO)(CS)C1C(C(O)C(=O)O)C2O TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73014 O=C(O)C1OC2C(C(=O)CO)C3CNC2(C1O)C(c1ccccc1O)C3O TargetDiff 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73015 O=C(O)CC1=C(O)C(C(=O)O)C2(OC1=O)c1ccccc1C1(O)CCCC12 TargetDiff 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73016 CCC(C=O)C12CCC(C)(CC(CO)C1O)C(CC(C)C)CC(O)C2 TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73017 CC(C1C=CCC=C1)C(N(C)C(C)C(N)CNC=O)S(C)(O)O TargetDiff 5L1V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73018 CC1=C2C3CC(CO)CC(C)(C(C)C3=O)C2C2CCC(C)C12 TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73019 CC1(O)CC(S)C(O)CC(C(=O)O)CC1O TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73020 O=C1C2C(O)C(O)C(CO)C(O)(OO)C2(O)CC12CCCO2 TargetDiff 5L1V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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