Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
73051	COC(C(O)C(O)CC(=O)O)C(C)(O)OC	TargetDiff	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73052	CCC(C(=O)O)N(C)C(C)=O	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73053	CCC1C(=O)CC2C(=O)CCC(O)C1(CC(F)(F)CC)C2C	TargetDiff	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73054	CC(=O)C1Cc2ccccc2C1C(=O)O	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73055	CC1CCCCC(OC2C(O)COC2CC(=O)O)C1	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73056	O=C(O)C1C2c3ccc(O)cc3C3C(O)=CC=CC3C1N1C(=O)COCC21	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73057	O=C1CC2C=CC3C(=C2)C(O)(O)NC(=O)N3C2CCCCCN2CON1	TargetDiff	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73058	CCC1=CC2=C(CCC2)C2C(=O)CCN2C1=O	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73059	COC(CN(C)S(O)(O)O)=C1CCCC1	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73060	CC1=CC=CC(NCC2(C(O)C(=O)O)CCCC(O)=C2O)C1F	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73061	CC1CC2C3CCCC2(C)C(C(F)F)C1CC3	TargetDiff	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73062	CCC1C=C(O)C2CC(CC)CCC2(C2CCCC2C)C1	TargetDiff	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73063	NCCC(CS)CC(=O)O	TargetDiff	5L1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73064	CCC1C2OC3(CC(C(C)(O)O)C2O)C1CC(C)C(C)C3(O)O	TargetDiff	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
73065	CCCC(C)C(O)C12CC(C)(C(=O)O)CCC1CCC2C	TargetDiff	5L1V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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