DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
73096 CN1CC2=C(C1)C(=O)C(C1CC3COC(O)CC3CO1)C2 TargetDiff 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73097 Clc1ccc(C2C=CNC=N2)cc1 TargetDiff 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73098 CN1C=N/C2=C/NC3C(=O)NCCC3C(C)(O)/C(O)=C3/CCC1=C23 TargetDiff 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73099 CC12CCCC1CCC2(O)C(O)(O)CC1CC2=CCN=C3CNC1=C23 TargetDiff 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73100 CC1=CC=C2CN(C)C(=O)C2N1CCC1CCCC2=C(NCC2)C1=N TargetDiff 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73101 Cc1ccc2c(c1C)CC1=CC(CCN3CCCCC3)=CC(C(=O)O)C12 TargetDiff 5KM9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73102 CC(C(=O)O)C(C)c1cccc(C(C(=O)O)C2C(OO)=Nc3ccc(C(=O)O)cc3C2Cl)c1 TargetDiff 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73103 CCC1CC2(O)C(O)CCS([O])([O])CCC(O)C2C2CC(O)=CC(=O)C12 TargetDiff 6MA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73104 CC(C)=C[C@H]1N=C2c3nnc(CCO)n3C(C)c3cccc4c3C2[C@@H](NC4=O)[C@@H]1Cl TargetDiff 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73105 CCCC(CC1C(CCC(O)CO)CCC1C(=O)O)C(C)O TargetDiff 6MA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73106 O=C(O)CC1C(CO)CC2=C(C(O)=CCC=N2)N1CCc1ccccc1 TargetDiff 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73107 O=C1C2=C3C(CC(O)CCC4CCC5C(=O)N6C(CC=CC6C(C2)C3O)CC45)OCC1O TargetDiff 6MA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73108 O=C(NO)OC(C(O)C(C1C=CCC=C1)C1C=CCC=C1O)C(O)(C(=O)O)C1CCCC1 TargetDiff 6MA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73109 CCC(C(=O)C(C)COCC(CC(O)(O)O)c1c(OCC(=O)O)ccc(O)c1O)C(C)C TargetDiff 6MA2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
73110 [O]S([O])(c1cc(O)ccc1OC1CNCO1)N1C(=O)CC(O)C1C(=O)O TargetDiff 6MA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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