DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14206 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2ccc(CCOCCOc3ccc(C(=O)O)c4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 6MLE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14207 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2cc(CCC(=O)O)ccc2C(=O)NCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 6MLE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14208 CC(CC(=O)O)c1ccc(-c2ccc(CO)cc2-c2ccc(CO)c(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 6MLE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14209 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(C#N)cc(NCc3nc(-c4cccc(S(C)(=O)=O)c4)ns3)n2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14210 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(C(=O)NO)cc4C)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14211 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(S(N)(=O)=O)c2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14212 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(C(C)C)cc(NC(=O)Nc3ccc(-n4ccnc4)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14213 CCC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(C(C)(C)C)ccc2NC(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)C1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14214 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(NC(=O)NC4CCCCC4)cc3)ccc2C)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14215 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)cc(NC(=O)Nc3ccc(C)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14216 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(-c4ccc(OC)cc4)cc3)cc(NC(=O)Nc3ccc(C)cc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14217 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NCc3cnc(-c4ccccc4)nc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14218 CC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(NCc3ccccc3)n2)CC1 AlphaDrug 5JXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14219 O=C1NC(c2ccc(O)cc2)CCCC1O AlphaDrug 5OEI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14220 CC(C)(C)c1nc2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc2n1CCCC1CCCCCC1 AlphaDrug 5J64 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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