DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
16171 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCCC3)CC2)cc(-c2nc(C3CCCCC3)cs2)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16172 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3C=CCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(S(N)(=O)=O)c4)ccc23)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16173 C#Cc1cccc(-c2ccc3c(-c4cc(NC5CCN(C(=O)C6CCCCC6)CC5)cc(OC)c4)n[nH]c3c2)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16174 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(N5CCN(CC(C)(C)CC(=O)O)CC5)c4)ccc23)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16175 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2cccc(N3CCOCC3)c2)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16176 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(N(C)C)c4)ccc23)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16177 COc1cc(-c2n[nH]c3cc(N=Cc4ccccc4)ccc23)ccc1C1CCCCC1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16178 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCC3)CC2)cc(-c2cccc(S(C)(=O)=O)c2)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16179 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2nnn(CC3CCCC3)c2C(=N)N)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16180 COc1ccc(-c2cc(F)cc(Cc3ccc(-c4cccc(OCC(=O)Nc5ccccn5)c4)cc3)c2)cc1S(N)(=O)=O AlphaDrug 1PHK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16181 COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)N(C)CC(=O)Nc3cccc(-c4ccccc4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16182 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(N4CCN(C(C)(C)C)CC4)ccc23)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16183 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(C(=N)N)ccc23)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16184 COc1cc(NC2CCN(c3ncnc(NCC4CCCCCC4)n3)CC2)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16185 COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4ccnn4C)ccc23)c1 AlphaDrug 1PHK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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