Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
16141	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16142	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2noc(N)c2C2CCCCC2)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16143	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(N4CCN(CCO)CC4)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16144	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3nc(C)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16145	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2ccccc2Cl)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16146	COc1ccc(C2=CCC(NC(=O)C3CCN(C(=O)C4CCN(C(C)=O)CC4)CC3)CC2)cc1OC	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16147	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2nnn(CC3CC3)c2C(N)=O)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16148	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16149	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16150	COc1cc(NC2C=CN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(N)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16151	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(-c4ccc(N(C)C)cc4)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16152	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3ccc(S(N)(=O)=O)cc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16153	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(C(=N)N)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16154	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(N4CCN(CC(C)(C)C)CC4)ccc23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
16155	COc1cc(NC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc(-c2n[nH]c3cc(N4CCOCC4)cc(F)c23)c1	AlphaDrug	1PHK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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