DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
16081 Nc1nc(NC2CCCCC2)nc(-c2ccc(CC(=O)Nc3ccc(Cl)c(Cl)c3)cc2)n1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16082 Nc1nc(-c2ccc(CC3CCCCCC3)cc2)no1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16083 Nc1nc(OC2CCCCC2)nc(-c2ccc(CC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16084 Nc1n[nH]c(-c2ccc(C3CCNCC3)cc2F)n1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16085 Nc1n[nH]c(-c2ccc(CCCCC(=O)NCc3ccccc3)c(F)c2)n1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16086 Cc1ccc(-c2nc(N)n[nH]2)c(C(=O)NCc2ccc(O)c(F)c2)c1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16087 Nc1nc(NCC2CCCCC2)nc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)n1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16088 Nc1nc(-c2ccc(CN3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)cc2)no1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16089 Nc1nc(-c2ccccc2)nc(-c2ccc(Cn3ccc4ccccc43)cc2F)n1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16090 Nc1nc(-c2ccc(CC(=O)N3CCC(c4ccc(Cl)c(Cl)c4)CC3)cc2)no1 AlphaDrug 6CSR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16091 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2CC(=O)NCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 5O5A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16092 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(-c3cccc4ccccc34)ccc2C(=O)NCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5O5A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16093 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(C(N)=O)ccc2CNC(=O)c2c[nH]c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5O5A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16094 CC(C)(C)c1ccc(-c2cc(C(=O)O)ccc2C(=O)NCCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5O5A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16095 CC(C)(C)c1ccc(C(C)(C)c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)n3)cc2)cc1 AlphaDrug 5O5A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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