DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
16111 Cc1cccc(-c2ccc(Sc3ccc(C4=CCN(C(=O)C(C)C(=O)O)CCN4)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 4W9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16112 CC(C(=O)N1CCCC(c2ccc(Cl)cc2)CC1)C(C)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4W9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16113 CC(C)CNC(=O)c1ccc(-c2cccc(-c3cccc(COc4cccc(C(=O)O)c4)c3)n2)cc1 AlphaDrug 4W9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16114 CC(C)Cc1cc(C(N)=O)ccc1Oc1ccc(OCc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 4W9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16115 Cc1cc(C(=O)NC(C)c2ccc(C(=O)O)cc2)c(O)c(C)c1-c1ccc(C2CCNCC2)nc1C AlphaDrug 4W9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16116 Cc1cc(C(=O)O)cc(C(C)NC(=O)c2ccc3ccccc3c2)c1 AlphaDrug 4W9O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16117 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)Nc4ccccc4C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16118 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16119 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16120 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ncc(-c4ccccc4)cc3N)cc2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16121 CC(=O)N1C(C)CC(CCCCC(=O)N2CCCCC2)C1CCc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16122 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc4ncccc4c3)cn2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16123 CC(=O)N1CCC(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cn3)cc2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16124 CC(=O)N1CCC(c2ccc(Cl)c(S(=O)(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16125 CC(=O)N1CCC(c2cccc(C(=O)Nc3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4XIP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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