DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
16051 Cc1ccc(-c2cc(C)c(O)cc2C(=O)Nc2ccc(N3CCN(c4ccccn4)CC3)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16052 Cc1ccc(-c2ccc(C3CCCN3C(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16053 Cc1ccc(-c2ccc(C3CCCN3C(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16054 Cc1ccc(-c2cc(N3CCCN(C(=O)OC(F)(F)F)CC3)cnc2Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16055 Cc1ccc(C(C)(C)NC(=O)c2cccc(N3CCC(c4ccccc4C(F)(F)F)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16056 Cc1ccc(-c2cc(C)c(O)c(Cc3c[nH]c4ccc(-c5ccccn5)cc34)n2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16057 Cc1ccc(-c2cc(C)c(O)c(Cc3c[nH]c4ccccc34)c2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16058 Cc1ccc(-c2ccc(C3CCCN3C(=O)c3cccc(Cl)c3-n3cccn3)cc2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16059 Cc1ccc(-c2cc(C)c(O)c(Cc3c[nH]c4ccccc34)c2C)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16060 Cc1ccc(-c2cc(C)cc(OCC3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cn4)C3)c2)cc1 AlphaDrug 4YHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16061 CC(CNC(=O)c1ccc(-c2cccc(-c3cncc(OCCCCO)c3)c2)c2ncccc12)C(=O)NC(=O)NC(C)(C)CC(=O)O AlphaDrug 5A81 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16062 CC(C)(C(=O)NS(=O)(=O)NC(=O)c1ccc(Cl)cc1)c1ccc(-c2ccc(-c3cccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5A81 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16063 CC(CNC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)c2ccccc12)Cc1ccc(COC(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5A81 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16064 CC(CNC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)c2ccccc12)C(=O)NC(=O)CSc1ccncc1 AlphaDrug 5A81 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16065 CC(CNC(=O)c1ccc(-c2ccccc2)c2ccccc12)C(=O)NC(=O)NC(=O)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5A81 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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