DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
16006 Cc1ccc(COc2cc(F)cc(NC(=O)c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16007 Cc1ccc(COc2ccc3ccccc3c2)cc1NC(=O)C1CCCCCC1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16008 Cc1cc(OC(C(=O)O)C(F)(F)F)ccc1-c1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16009 Cc1ccc(COc2ccc3ccccc3c2)cc1NC(=O)C(CCc1ccccc1)C1CCCCC1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16010 Cc1ccc(COc2ccc3cccc(C(N)=O)c3c2)cc1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16011 O=C(Nc1ccc(OC(F)(F)F)cc1)Nc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16012 FC(F)(F)c1cccc(-c2nc(OCc3ccccc3)cc(N3C=CN(C4CC4)CC3)n2)c1 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16013 Fc1ccc(C(F)(F)F)cc1N1CCCN(c2nc(C(F)(F)F)ncc2C(F)(F)F)CC1 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16014 CC1OC2(C(F)(F)F)CCC(c3cc(C(F)(F)F)ccc3F)C1(C)CC2 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16015 FC(F)(F)c1cccc(Nc2nc(N3CC=CCC3)ncc2C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16016 O=S(=O)(c1ccccc1)N1CC2CC(CC(Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)C2)C1 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16017 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16018 O=C(Nc1ccc(N2C=COCC2)cc1)Nc1cc(C(F)(F)F)ccc1F AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16019 O=C(NC1CCCCC1)c1ccc(OC2CC2)cc1-c1cccc(Cl)c1F AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16020 FC(F)(F)c1cccc(-n2nc(-c3ccccc3)cc2NC2CC2)c1 AlphaDrug 5NKH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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