DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15991 COc1ccc(C(=O)NC(=O)N2CCC(Nc3ccc(C(C)(C)O)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4WIV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15992 Cc1cc(C(F)(F)Cc2cccc(Cl)c2)cc2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)nnc12 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15993 Cc1c(-c2cc(NC(=O)c3ccccc3C(F)(F)F)ccc2C(F)(F)F)cc2nc(C(C)(C)C)[nH]c2c1C AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15994 COCC1CCCC(N2CCC(C(=O)OC3CCc4ccc(-c5ccc(C(F)(F)F)cc5)cc4C3)CC2)C1 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15995 Cc1ccc(Oc2cccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)c2ccccc12 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15996 Cc1ccccc1N1CCN(C(=O)C2CCN(C(=O)C3CCN(C(=O)N4CCOCC4)CC3)CC2)CC1 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15997 COC(=O)c1ccc(-c2ccc(-c3ccc(C(Cc4ccccc4)C(=O)O)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15998 Cc1cc(C2CCN(C(=O)CNC(=O)c3ccccc3)CC2)nn1-c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15999 COc1ccc(-c2cnc(C(F)(F)C(F)(F)F)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cn1 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16000 Cc1ccc(-c2cnc(C(F)(F)Cc3cccc(Cl)c3)c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4WIV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16001 Cc1cc(Cl)ccc1OCC(N)Cc1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16002 Cc1c(CNC(=O)Cn2cncc2Cc2ccc(Cl)cc2)noc1-c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16003 Cc1ccc(COc2ccc3cccc(C#N)c3c2)cc1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16004 Cc1ccc(COc2cc(C(F)(F)F)ccc2C(=O)NCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
16005 Cc1ccc(-c2[nH]nc(CNc3nc(-c4cccc(Cl)c4)ns3)c2C)cc1 AlphaDrug 5LZ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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