DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15931 COP(=O)(O)OCC1(O)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15932 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)O)cc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15933 Cc1ccc2cccc(C(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2c1 AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15934 COc1ccc(/C=C/C(=O)c2ccc(O)c(Cl)c2)cc1OC AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15935 Cc1cc(-c2ccc(C(=O)c3ccc4ccccc4c3)cc2)ccc1OC(C)(C)C AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15936 Cc1ccc2ccccc2c1OCc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15937 Cc1nc2ccc(-c3ccc(C(=O)c4ccccc4)cc3)cc2c(C)c1C AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15938 Cc1ccc2cccc(C(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)c2c1 AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15939 Cc1ccc2cccc(OCC(=O)O)c2c1COC(C)(C)CCC(C)(C)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15940 Cc1ccc2cccc(CC(N)=O)c2c1COC(C)(C)CCC(C)(C)NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6GUH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15941 Cc1ccc(NC(=O)C2CC=CCCC2)cc1C(=O)NCc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15942 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cccc(N5CCN(C6CC6)CC5)n4)ncc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15943 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cccc(S(N)(=O)=O)c4)ncc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15944 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cccc(C(=O)O)c4)ncc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15945 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cccc(C5CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC5)c4)ncc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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