DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15946 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cccc(N5CCN(C6CC6)CC5)n4)sc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15947 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc(CN5CCN(C(=O)NC6CC6)CC5)c(F)c4)ncc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15948 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cccc(S(N)(=O)=O)c4)ncc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15949 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cccc(C(=O)O)c4)cs3)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15950 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4ccc(N5CCN(C6CC6)CC5)cn4)sc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15951 Cc1nc2c(F)cc(-c3nc(Nc4cnc5c(n4)CCNC5)ncc3F)cc2n1C(C)C AlphaDrug 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15952 O=C(O)c1ccc(O)cc1C(=O)NC1CCCN(c2ccc(OC3CCOCC3)cc2)C1 AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15953 O=C(O)c1cccc(O)c1C(=O)c1c(O)cc(S(=O)(=O)c2ccc(O)cc2-c2ccc3ccccc3c2)cc1O AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15954 O=C(O)c1cccc(O)c1C(=O)c1c(O)cc(S(=O)(=O)c2ccc(F)cc2-c2ccccc2)cc1O AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15955 O=C(O)c1cccc(CN(Cc2ccc(F)cc2)C2CCN(c3ccc(F)c(Cl)c3)CC2)c1 AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15956 O=C(CC(NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NC(CS)C(=O)N1CCCCC1C(=O)O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15957 O=C(O)c1cccc(O)c1C(=O)c1c(O)cc(S(=O)(=O)c2ccc(O)cc2-c2ccccc2)cc1O AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15958 O=C(NC1CCCCC1S(=O)(=O)c1cc(O)c(C(=O)c2c(O)cccc2C(=O)O)c(O)c1)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15959 O=C(NCC(CO)Cc1c(O)cccc1C(=O)O)c1ccc(-c2ccccc2)s1 AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15960 N#Cc1cc(C2CCN(C(=O)Cc3cccc(C(=O)O)c3)CC2)ccc1F AlphaDrug 6PID ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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