DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15916 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(N4CCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15917 CC1(CC2CCN(c3nc(Nc4cccc(C(C)(C)C)c4)c4ccc(N5CCCCC5)nc4n3)CC2)CCOC1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15918 CC(C)(C)c1ccc([SH](=O)(Oc2ccc(C3CCCCC3)cc2)C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15919 CC(C)(C)CCN1CCN(C(=O)N2CCC(Nc3ccnc(Nc4ccccc4)n3)CC2)CC1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15920 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(N3CCCN(C4C=CCCC4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15921 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(C3(C(=O)O)CC3)cc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15922 COP(=O)(O)OCC1(O)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15923 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15924 CC(=O)Nc1ccc(SC2CCN(c3ccc(-c4cccc(C(=O)NC5CC5)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15925 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(O)cc2)cc(C(=O)Nc2cccc(Cl)c2)c1 AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15926 CC1(O)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15927 CN1C2(C)CC(n3cc(Nc4ccc(F)cc4F)nc3-c3ccc(F)cc3)OC2(C)S1(=O)=O AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15928 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 4W9K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15929 CC(C)(C)c1cc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(=O)Nc4ccccc4)c3)cc2)nc(N)n1 AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15930 NS(=O)(=O)c1ccc(Nc2nccc(-c3cccc(Oc4ccccc4)c3)n2)cc1 AlphaDrug 4W9K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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