DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15886 CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15887 CC(CO)Nc1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)n1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15888 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nccnc3OC(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15889 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N4CCCC(O)CC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15890 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(N3CCN(C4CCCCC4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15891 CC(C)(C)Nc1cccc(NC(=O)C2CCCCC2S(=O)(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cc2)c1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15892 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15893 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(N4CCN(C5CC5)CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15894 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc4[nH]c(=O)[nH]c34)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15895 CC(C)Oc1nc(C2CCCC(n3c(=O)[nH]c4ccccc43)CC2)ccc1C1CCCC1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15896 CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)n1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15897 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cc(OCC3CC34CCOCCO4)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15898 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCCC(C(=O)O)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15899 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4nc(N5CCN(C6CC6)CC5)ccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15900 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4[nH]ccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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