DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15856 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(NC(=O)CO)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15857 COc1cccc(Nc2nc(N3CCC(N4CCCCC4)CC3)nc3cc(NC(=O)NC(C)(C)C)ccc23)c1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15858 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccccc2-c2cccc(N3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15859 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15860 CN(CCc1cccc2cc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccc(C(C)(C)C)cc4)c3)ccc12)C1CCCCC1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15861 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nc(C4CCCCC4)cs3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15862 CC(C)Nc1ccc2cc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccc(C(C)(C)C)cc4)c3)ccc2n1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15863 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N4CCC(O)CC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15864 CC(C)(C)N1CCN(c2ccc(OC(c3ccccn3)C3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15865 CC(C)(C)Cc1nc2cc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccc(C(C)(C)C)cc4)c3)ccc2[nH]1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15866 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15867 CC(C)(C)c1cccc(CO)c1Cc1cccc(NC(=O)Nc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15868 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4nc(NC5CCCCC5)[nH]c4c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15869 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nnnn3-c3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15870 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccccn3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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