DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15811 COc1ccc(-c2ccc(O)c(C(=O)c3cccc(C)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15812 COc1ccc(OC)c(C(=O)Nc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)c1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15813 COc1cc(NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(Cn4ccnc4)cc3)cc2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15814 COc1ccc(-c2ccc(N3CCC(NC(=O)CN4CCC(C(=O)NCC(=N)N)CC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15815 COc1ccc(-c2ccc(N3CC(Oc4ccc(Cl)cc4)C3=O)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15816 CC(C)c1cc(C(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)c2ccc(O)cc2n1 AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15817 CCCc1cn(Cc2nc3ccccc3n2Cc2ccc(O)c3[nH]c(=O)[nH]c23)cn1 AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15818 CCOC(=O)c1ccc(O)c(SCc2ccc(O)c(C(=O)NCCN3CCOCC3)c2)c1 AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15819 CCOC(=O)c1ccc(Cn2ncc3ccccc32)cc1 AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15820 CCOC(=O)c1cc(Oc2cccc(CNC(=O)c3cc(-c4ccccc4)cc(N)n3)c2)ccn1 AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15821 CCOC(=O)c1cc(OCC(=O)Nc2ccc(Cl)c(C)c2)ccc1Oc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6JAG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15822 CCOC(=O)c1ccc(Cn2ncc(-c3ccccc3C)n2)cc1 AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15823 CCOC(=O)Nc1cccc(Oc2ccc(C)c(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15824 COC(Cc1ccccc1)C(CC(C)C)C(N)=O AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15825 CCOC(=O)c1ccc(CC(C)C)cc1C(=O)O AlphaDrug 6JAG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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