DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15766 NC1(Oc2cccc(-c3cccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)c3)c2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15767 NC1(Oc2cccc(-c3ccc4ccccc4c3)c2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15768 NC1(Oc2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15769 NC1(Oc2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2Oc2cccc(Cl)c2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15770 NC1(Oc2cccc(-c3cccc(-c4nc5ccccc5[nH]4)c3)c2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15771 NC1(Oc2cccc(-c3cccc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)c2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15772 NC1=NC(=O)C(c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)N1C=O AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15773 NC1(Oc2cccc(-c3cnc(N4CCC(O)C4)cc3C(F)(F)F)c2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15774 NC1(Oc2cccc(-c3cc4ccccc4cc3OCc3ccccc3)c2)CCCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15775 NC1(Oc2cccc(-c3cc4ccccc4o3)c2)CCCC1 AlphaDrug 5HA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15776 Cc1c(NC(=O)NC2CCC(C)(C)C(C)(F)C2)cc(-c2ccc(F)cc2)nc1Cl AlphaDrug 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15777 Cc1cc(NC(=O)N(c2ccc(F)cc2)c2ccccc2C(F)(F)F)cc(-c2cccc(-c3ccc(F)cc3)c2)c1 AlphaDrug 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15778 CC(C(=O)Nc1ccc(Cl)c(Cl)c1)N1CCN(c2ccc(Cl)c(Cl)c2)CC1 AlphaDrug 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15779 CC1(C)CCC(NC(=O)Nc2cc(-c3cccc(Cl)c3)nc(SC3CCCCCC3)n2)CC1(C)F AlphaDrug 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15780 CC1(C)CCC(NC(=O)Nc2cc(N3CCOCC3)nc(N3CCOC(Nc4ccnc(C(F)(F)F)c4)C3)n2)CC1(C)F AlphaDrug 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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