Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15781	CC1(C)CCC(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)c(F)c2)CC1(C)F	AlphaDrug	4S1G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15782	CC1(C)CCC(NC(=O)Nc2cc(-c3cccc(F)c3)nc(N3CCOC(C(=O)O)C3)n2)CC1(C)F	AlphaDrug	4S1G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15783	CN(C(=O)C(=O)NC1CCC(C)(C)C(C)(F)C1)c1cc(C2CCCCC2)c(Cl)cc1Cl	AlphaDrug	4S1G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15784	CC1(C)CCC(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)c(Cl)c2)CC1(C)F	AlphaDrug	4S1G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15785	CC1(C)CCC(NC(=O)NC(=O)c2ccc(-c3cccc(Cl)c3)c(Cl)c2)CC1(C)F	AlphaDrug	4S1G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15786	Cc1ccc(N2CCN(C(=O)Nc3ccc(C(=O)NC4CCCC(Nc5nc6cc(F)ccc6o5)C4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15787	Cc1ccc(-c2cc3cc(C(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)ccc3n2C)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15788	Cc1ccc(-c2cc3cc(-c4ccc(N(C)C5CCCCCC5)cc4)sc3c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15789	Cc1ccc(-c2cc3cc(-c4ccc(N5CCC(NC(=O)CNC(=O)C6CCCCC6)CC5)cc4)sc3c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15790	Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3C)no2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15791	Cc1ccc(-c2cc3ccc(CNC(=O)c4ccc(N5CCC(C(=O)O)CC5)cc4)cc3c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15792	Cc1ccc(-c2cc3sc(CNC(=O)c4ccc(N5CCC(C(=O)O)CC5)cc4)cc3c(=O)[nH]2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15793	Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3C)sn2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15794	Cc1cc(C)cc(-c2cc3cc(-c4ccc(N5CCC(C(=O)O)CC5)cc4)sc3c(=O)[nH]2)c1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15795	Cc1ccc(-c2cc3cc(-c4nn[nH]c4NC(=O)NC4CCCCCC4)sc3c(C)n2)cc1	AlphaDrug	5F1V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

15781 to 15795 of 73725 items. Total 4915 pages.