DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15736 CC(C)(C)C(NC(=O)c1c(O)ccc(OCC2CCCCC2)c1O)C(=O)Nc1cccc(N2CCN(c3ccccn3)CC2)c1 AlphaDrug 5IVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15737 CC1CCCC(NC(=O)c2cc(C(=O)Nc3ccc(N4C=CN(C(=O)NC(C)(C)C)CC4)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5IVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15738 Cc1ccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(N)=O)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15739 Cc1ccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NO)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15740 CN1CCN(C2C(=O)Nc3ccc(C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(=O)NC(C(=O)O)C(F)(F)F)cc32)CC1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15741 CC(C)C(NC(=O)Nc1ccc(NC(=O)c2ccc(N3CCN(C)CC3)cc2)cc1)C(=O)NO AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15742 CN1C2CCC1C(NC(=O)c1ccc(O)c(O)c1)C2 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15743 CN1CCN(c2ccc(Nc3ncc(-c4c(O)cccc4Cl)s3)cc2)CC1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15744 Cc1ccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NCc2ccccc2)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15745 CN1CCN(c2ccc(C(=O)Nc3cc(-c4cccs4)ccc3N)cc2)CC1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15746 Cc1ccc(-c2cccs2)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15747 Cc1ccc(C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C)CC2)cc1 AlphaDrug 4YMH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15748 COc1ccc(S(=O)(=O)NCc2cccc(NC(=O)c3ccc(C(N)=O)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5FHO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15749 CNc1ncnc2cc(-c3cc(NC(=O)Nc4cc(N5CCC(N6CCCC6)CC5)ccn4)ccc3N)ccc12 AlphaDrug 5FHO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15750 COc1ccc(S(=O)(=O)NCc2cccc(NC(=O)c3ccc4ncccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 5FHO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

15736 to 15750 of 73725 items. Total 4915 pages.