DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15796 N#CC1(c2ccccc2)CNC(=O)c2ccc(NC(=O)c3ccc(N4CCCCC4)cc3)cc21 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15797 Cc1ccc(-n2cnc3cc(C(=O)Nc4ccc(C(C)(C)O)nn4)ccc32)cc1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15798 CN1CCN(c2ccc(NC(=O)c3cc4nc(-c5ccc(Cl)cc5)cnc4[nH]3)cc2)CC1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15799 CCc1ccc(NC(=O)c2ccc3c(c2)ncn3-c2cccc(C)n2)cc1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15800 Nn1ncc(-c2ccc(N3C=COCC3)cc2)c1-c1nc2ccc(C3CCNCC3)cc2[nH]1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15801 CC(=O)N(C(=O)c1ccc(Cl)cc1)C1CCN(c2ccc(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15802 CC(C)(C(=O)O)N1CCN(c2ccc(NC(=O)c3ccc(Oc4cc(NC(=O)C5CC5)ccn4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15803 CC(C)(C)c1cc(NC(=O)c2ccc(N3CCC(N4CCCC4)CC3)cc2)ncc1-c1ccncc1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15804 CC(=O)N1CCC(c2ccc(NC(=O)c3ccc4c(c3)ncn4-c3ccc(Cl)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15805 CC(C)N(Cc1ccc2nc(-c3c(F)cccc3Cl)[nH]c2c1)C(=O)c1ccc(F)cc1 AlphaDrug 5ORG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15806 COc1ccc(-c2ccc(N3CCC(C(=O)NCc4ccc(-c5ccc6ccccc6n5)cc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15807 COc1ccc(-c2ccc(N3CCC(C(=O)NCc4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15808 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15809 COc1ccc(-c2ccc(N3CCC(C(=O)NCC4CCCCC4(C)C)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15810 COc1ccc(-c2csc(Nc3ccc(C(=O)NCCCN4CCCCC4)c(OC)c3)n2)cc1 AlphaDrug 5ZAE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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