DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15826 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccnc3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15827 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4cn(CC5CCCCC5)nc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15828 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(N4CC=CCC4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15829 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4nc(NS(C)(=O)=O)ccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15830 CC(C)(C)Cc1ccc2cc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccc(C(C)(C)C)cc4)c3)ccc2c1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15831 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4c(CCO)cccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15832 CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(N4CCCC4)c3)cc2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15833 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(OCCCCO)c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15834 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(C(F)(F)F)nc3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15835 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3nc(N4CCCC(O)CC4)no3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15836 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc4cc(OCCCO)ccc4c3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15837 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(NC(=O)CO)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15838 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-n3cc(N4CCC(N5CCCC(O)CC5)CC4)nn3)cc2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15839 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3ccc(OC4CCCCC4)cc3)cc2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15840 CC(C)(C)c1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-n3cc(N4C=CC(N5CCCCC5)CC4)nn3)c2)cc1 AlphaDrug 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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