DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15706 CC(C)(NC(=O)c1cc(-c2cccc3[nH]ncc23)cc(O)c1O)S(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15707 Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)CCC3)cc1C(=O)NC(C)(C)c1cccc(OC2CC2)c1 AlphaDrug 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15708 CC(C)(NC(=O)c1cc(-c2cccc3[nH]ncc23)cc(O)c1O)S(=O)(=O)C(F)(F)F AlphaDrug 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15709 CC(/N=N/c1cc(C(F)(F)F)cc(Cl)c1O)S(=O)(=O)c1cccc(O)c1 AlphaDrug 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15710 O=C(O)c1ccc(Nc2nccc(N3CCC(O)C(O)C3)n2)cc1 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15711 CNC1CC2OC(C)(C1O)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15712 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15713 CN(C)C(=O)c1ccc(-c2cc(N3CCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)ccc2O)cc1 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15714 CC(C)(C)c1ccc(-c2nc(NC(=O)C3CCCCC3)sc2-c2cccc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15715 CC1(S(=O)(=O)c2cc(N3CCCCC3CO)ccc2O)CCCN1 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15716 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15717 COC(=O)c1ccc(Nc2nc(C(=O)O)nc3cc(-c4cccc(NS(=O)(=O)C(C)C)c4)ccc23)cc1 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15718 CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)CC(=O)NC4 AlphaDrug 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15719 CC(=O)OC(=O)C1CCN1c1ccc2c(c1)c(C(C)(C)C)cn2-c1ccc(NS(C)(=O)=O)cc1 AlphaDrug 4NL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15720 CC(C)(C)c1cn(-c2ccc(OCC(=O)Nc3ccc(N4CC(O)C4)cc3)c(Cl)c2)c2c(N)nc(N)nc12 AlphaDrug 4NL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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