Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15646	CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(CCc1ccccc1)C(=O)Nc1cccc(OCC(=O)O)c1	AlphaDrug	5J9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15647	CC(C)C(=O)NC(CC(O)C(C)Cc1ccccc1)C(=O)NC(CCC(=O)O)C(=O)N(C)C1C=CCCC1	AlphaDrug	5J9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15648	CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(CCc1ccc(-c2cncnc2)cc1)Cc1cccc(OCC(=O)O)c1	AlphaDrug	5J9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15649	COc1cc2c(cc1CCCc1ccc(C(=O)O)cc1)CC(C(O)(c1cc3c(c(OCC(=O)O)c1)CCCC3)C(F)(F)F)CC2	AlphaDrug	5J9X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15650	CC(COc1nc(-c2ccc(CCCC(=O)NCCC(=O)O)cc2)nc2ccccc12)NC(C)(C)C	AlphaDrug	5J9X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15651	CC(Cc1ccc2[nH]c(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c-2cc1)C(O)C(O)(C(=O)O)C(=O)N(Cc1ccccc1)C(=O)O	AlphaDrug	5J9X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15652	CC(C)c1ccc(C(=O)c2cccc(NCc3cccc(NCc4cncc(-c5nnn[nH]5)c4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15653	CC(C)c1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(F)c(NC(=O)c4cccc(S(C)(=O)=O)c4)c3)n(-c3cccc(NC(=O)C4CC4)c3)n2)cc1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15654	CC(C)c1ccc(C(=O)c2cccc(NCc3ccc4cccc(Cl)c4c3)c2)cc1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15655	CC(C)c1ccc(Cn2nnc3c(OCCC(=O)O)cc(-c4cccc(C(C)(C)C#N)c4)cc32)cc1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15656	CN1CCC2(C1)c1cc(C(C)(C)C)ccc1CC1(CCC(NC(=O)c3ccc(-c4cccnc4)cc3)C1)C(=O)N2C	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15657	CC(C)c1ccc(C(=O)c2ccc(NC(=O)C3(c4cccc(NC(=O)c5cccc(-c6cccnc6)c5)c4)CCNCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15658	CC(C)c1ccc(C(=O)c2cccc(NCc3cccc(-c4nnn[nH]4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15659	CC(C)c1ccc(C(=O)c2cccc(NCc3ccc4ccccc4c3)c2)cc1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15660	Cc1cccc(-c2cc(CNc3cccc(C(=O)c4ccc(C(C)C)cc4)c3)[nH]n2)c1	AlphaDrug	4KEQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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