DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15676 CC(C)CNc1cc(NC(=O)C2=C/C=C\C(NC(=O)C3CCCN(CC(=O)NC(=O)C(F)(F)F)C3)=C/C=C\2O)cc(C(C)(C)C)c1 AlphaDrug 5EPL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15677 CC(C)CNc1cc(NC(=O)c2cccc(NC(=O)c3ccc(F)cc3)c2)[nH]n1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15678 CC(C)CNc1cc(NC(=O)C2CCN(C(=O)C3CCCC(=O)N3)CC2)n(C)n1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15679 CC(C)CNc1cc(Nc2cc(NC(=O)C3CCC(N)C3)ccc2OCC2CCCC2)ccn1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15680 CC(C)CNc1cc(NC(=O)Nc2ccccc2)nc(-c2ccc(C3CCCC3)cc2)n1 AlphaDrug 5EPL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15681 CC(Cc1ccc2cccc(OCC(C)(C)O)c2c1)Cc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15682 O=C(O)C1CCCN(c2ccc(-c3cccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)cc2)CC1O AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15683 COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2nccc3ccc(NC(=O)C(C)Cc4cccc5ccccc45)cc23)cc1 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15684 CC(Cc1ccc2ccc(O)c(C(=O)O)c2c1)Cc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15685 CC(Cc1ccc2c(c1)C(O)C(O)CO2)Cc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15686 CC(Cc1cccc(Cl)c1)Cc1cccc2cc(N(CC(=O)O)C(=O)O)ccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15687 CC(Cc1ccc2cccc(O)c2c1)Cc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15688 CC(Cc1ccc2cccc(CC(=O)O)c2c1)Cc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15689 CC(Cc1ccc2ccc(OCC3CC3)cc2c1)Cc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15690 CC(Cc1cccc2ccccc12)Cc1nnc(CC(=O)O)c2ccccc12 AlphaDrug 4X5P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

15676 to 15690 of 73725 items. Total 4915 pages.