DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
15631 COc1ccc(-c2cc(NC3CCC(O)C3)nn3c(-c4ccccc4Cl)cnc23)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15632 COc1ccc(-c2nc(-c3ccnc(N4CCNCC4)c3)c(-c3ccc(O)cc3)[nH]2)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15633 COc1ccc(-c2cc(Nc3ncc(C(=O)Nc4ccc(Cl)c(Nc5ccc(N6CCN(C)C6)cc5)n4)s3)cnc2C)cc1 AlphaDrug 6PHX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15634 COc1cc(CNc2nccc3c(-c4ccc(C#N)cc4)cnc(-c4ccc(Cl)cc4)c23)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15635 COc1ccc(-c2nc(C(=O)Nc3cc(-c4ccnc(NCc5ccc(C(F)(F)F)cc5)c4)ccc3C)cs2)cc1 AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15636 COc1ccc(-c2nc(C(=O)NC3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cs2)cc1 AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15637 COc1cc(-c2cn(CCN3CCOCC3)c3ncnc(N)c23)ccc1NC(=O)OC1CC1 AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15638 COc1ncc(-c2ccnc3[nH]c(C)cc23)c(-c2ccc(Nc3ccccc3Cl)cc2)n1 AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15639 COc1cc(CNc2nccc3c(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)cnc(-c4ccc(Cl)cc4)c23)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15640 COc1ccc(CNc2nccc3c(-c4cn(C)nn4)cnc(-c4ccc(C)cc4)c23)cc1OC AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15641 COc1cc(CNc2cc(-c3ccnc4[nH]nc(NC(=O)CN5CCOCC5)c34)ccn2)ccc1NC(=O)NC1CC1 AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15642 COc1cc(CNc2cc(-c3ccc(C(=O)NO)cc3)ccc2C(=O)NC2CC2)ccc1NC(C)=O AlphaDrug 6HAY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15643 CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)Cc1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5J9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15644 CC(CCNc1c2c(nc3ccccc13)CCCC2)NC(=O)Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5J9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
15645 CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5J9X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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