Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
15571	Cc1ccc(C(=O)C2=C(NC(=O)c3ccc(N4CCCCC4)cc3)CCC2)cc1	AlphaDrug	5V82	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15572	Cc1ccc(S(=O)(=O)CCCCC(=O)N2CCC3(CC2)CCN(c2ccc(Cl)cc2)C3=O)cc1	AlphaDrug	5V82	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15573	CC(C)=C1CCC(S(=O)(=O)c2ccc(C)cc2)CC1	AlphaDrug	5V82	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15574	COC1CN(C(=O)Nc2cc(F)c(-c3cc4nc(/N=C/c5ccccc5)ncc4c(N)n3)c(F)c2)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15575	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3cc4nc(NCc5ccc(F)cc5)[nH]c4cc3C)cc2C)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15576	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3cc4c(cc3CN(C)C)ncn4C)cc2)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15577	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3cc4nc(NCc5ccccc5)nc(C)n4n3)cc2C)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15578	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3cc4nc(NCc5ccccn5)[nH]c4cc3C)cc2C)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15579	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3cc4nc(NCc5ccc(F)cc5)[nH]c4cc3C)cc2)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15580	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3cc4nc(NCc5ccc(F)cc5)[nH]c4cc3C)cc2C)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15581	COC1CN(C(=O)CN2C(=O)S/C(=C/c3ccc(-c4ccccc4)cc3)C2=O)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15582	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3nc(NC4CCC=CCC4)c4nc(N)n(C)c4n3)cc2C)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15583	COC1CN(C(=O)Nc2ccc(-c3cc4nc(NCc5ccc(F)cc5)sc4cn3)cc2C)C1	AlphaDrug	4CG9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15584	NC(CC(=O)NC1CC1)(c1ccc(NC(=O)c2ccc(O)c(-c3ccn[nH]3)c2)cc1)C(F)(F)F	AlphaDrug	5IH9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
15585	O=C(Nc1cccc2ccccc12)c1ccc(-c2ccc(O)c(-c3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	5IH9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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